窓口での新規申請を想定して、特殊車両通行許可申請の流れを説明します。
１．申請先の確認
通行経路を決定する上で、通行許可が必要な道路と道路管理者を確認しているはずです。
通行経路が複数の道路管理者へまたがるときは、まとめて1つの道路管理者へ申請できるのか、それぞれの道路管理者への申請が必要か確認します。
申請先はいつでも確認できますが、申請先の数だけ申請書類を用意することになるので、先に確認するほうが良いでしょう。
２．必要書類の準備
申請書、通行経路表・経路図、車両の諸元に関する説明書、車検証の写し、車両図面などの必要書類を準備しておきます。
３．窓口へ申請
本人か代理人（行政書士等）による、窓口持参が原則になっています。
しかし、通行経路が長距離になると、窓口が遠隔地で申請が困難なばあいがあるので、各窓口とも郵送での申請を可能にしているか、遠隔地の申請者に限定して郵送で受け付ける対応をしています。
ただし、郵送での申請が認められても、FAXやメールによる申請はできません。
４．受付と手数料徴収
車両の構造が特殊、もしくは積載する貨物が特殊でなければ、通行許可申請は受付できないのでその判断がされ、申請先の管理する道路が通行経路に含まれて許可を要するかどうかも判断されます。
上記の条件に合致しており、必要書類に不備がなければ受付されます。
また、複数の道路管理者に係る申請であるときは、所定の手数料が徴収されます。
５．審査
申請した通行経路を、申請した車両が通行できるか、通行できるなら条件が必要か審査されます。
審査には、特殊車両通行許可算定システムを利用する電算審査と、手作業で行う普通審査があり、電算審査は普通審査よりも審査期間が短く、書面申請でも申請内容をパソコンに入力して電算審査になる場合があります。
電算審査で、個別審査になる道路もない審査であれば、比較的スムーズです。
６．許可証の交付
通行を許可する場合、通行条件と通行期間が記載された許可証が交付されるので、窓口で受け取ります（道路管理者によって郵送も可）。
通行を許可しない場合、その理由を記した不許可通知書で通知されます。
ちなみに、不許可でも納付した手数料は返還されません。