新規格車は、高速自動車国道と重さ指定道路の通行を自由に行えることから、通行許可申請を不要とする道路が多いメリットを持っています。
しかし、そのメリットがあるがゆえに、新規格車の場合は、オンライン申請ができないケースも多くなります。なぜなら、国道のほとんどが重さ指定道路になっていて、通行許可が必要ないため、オンライン申請先である国土交通省では、通行許可申請を受理できないからです。その結果、新規格車の特殊車両通行許可申請の多くは、市町村への窓口申請になってしまいます。
特に、通行経路が長距離の場合、出発地近くの市町村道と、目的地近くの市町村道のみ通行許可が必要という事例も、新規格車では多くみられます。こうなると、離れた2つの市町村に通行許可申請をしなくてはならず、遠隔地で窓口持参が困難（郵送に対応していれば郵送可）ということもあります。