特殊車両通行許可は、道路管理者に行うことになっていますが、国道、都道府県道、市町村道というように、道路管理者は道路によって異なっています。
| 道路の種類 | 道路管理者 |
| 高速自動車国道 | 国 |
| 一般国道（指定区間内） | 国（地方整備局、北海道開発局、沖縄総合事務局） |
| 一般国道（指定区間外） | 都府県（北海道は指定区間）、政令指定都市 |
| 都道府県道 | 都道府県、政令指定都市 |
| 市町村道 | 市町村 |
1つの道路管理者による道路だけを経路にする場合は、当然その道路管理者に申請します。問題は2つ以上の道路管理者にまたがる道路を経路とする場合です。
本来は、それぞれの道路管理者に許可を受けなくてはなりませんが、それではあまりにも手続きが面倒になることから、2つ以上の道路管理者にまたがる経路を選択する場合は、1つの道路管理者に一括して申請すれば済むようになっています。ただし、政令指定都市以外の市町村は、管理している市町村道以外の道路を審査できないため、一括申請の申請先にできません。
・ケース1：国道だけを通行する場合
国道は、国の管理と都府県（または政令指定都市）の管理に分かれますので、通行経路の国道がどちらの管理であるかによって、申請先は異なります。
国の管理だけなら国へ、都府県の管理なら都府県へ、両方が混在しているなら、どちらにも申請できます。
・ケース2：国道と都道府県道が混在する場合
ケース1と同じように、全ての経路において、道路管理者は国か都道府県です。
したがって、どちらか一方の管理ならその道路管理者へ、両方が混在しているなら、どちらにも申請できます。
・ケース3：国道と都道府県道と市町村道が混在する場合
道路管理者として考えられるのは、国、都道府県、政令指定都市、政令指定都市以外の市町村と4つあります。
このうち、政令指定都市以外の市町村は、一括申請の申請先にできません。
国、都道府県、政令指定都市のうち、通行経路を実際に管理している道路管理者に申請します。
・ケース4：政令指定都市以外の市町村道で2市町村以上にまたがる場合
政令指定都市以外の市町村は、管理している道路しか審査できないため、一括申請ができません。
それぞれの市町村に対して、個別に通行許可申請を行います。
【まとめ】
・通行経路が複数の道路管理者に管理されているときは、一括申請ができる。
・政令指定都市以外の市町村は、一括申請先にできない。
・一括申請先は、通行経路の道路のいずれかを管理していなければならない。
