特殊車両通行許可の申請方法は、大きく分けて3つあります。
１．オンライン申請
パソコンで申請書類と申請データを作成して、そのデータをオンラインで送信して許可を受けます。
オンライン申請のメリットは、申請先の窓口に出向かなくても良いこと、通行条件の算定を事前にできること、変更や更新申請において、過去の申請データを利用できるなど、多くあります。
オンライン申請は、個別審査がある場合を除き、申請方法の中で最も審査期間が短い方法です。
２．FD申請
オンライン申請と同じく、パソコンで申請書類と申請データを作成しますが、申請先の窓口に出向き、申請データを格納したFD（フロッピーディスク）で申請する方法です。
現在では、FDが普及していないため、CDやUSBメモリ等の媒体でも受け付けてもらえる場合もありますが、事前に確認が必要です。
FD申請は、基本的に書面申請よりも審査機関が短くて済みます。
３．書面申請
従来からの方法で、書面に自分で記入もしくはワープロソフト等で作成した申請書を、申請窓口に提出します。
申請には手間が掛かり、審査期間も長くなる傾向があります。
利便性の点では、オンライン申請が最も優れていますが、通行経路の道路管理者に通行許可申請をする原則から、オンライン申請には以下の条件が付きます。
・国が管理している道路、つまり国道（直轄国道）を経路に含んでいる。
・国道において特殊車両扱いになる車両を通行させる。
この条件から、通行経路に国道を含んでいても、都道府県道や市町村道だけの許可を要する場合は、オンライン申請が利用できません。また、パソコンの環境設定等の作業が必要となるため、申請者によっては、オンライン申請を面倒と感じる場合があるかもしれません。
