運送業の許可・登録に際しては、登録免許税の納付が必要です。貨物軽自動車運送事業においては、届出だけで登録免許税の納付は必要ありません。
登録免許税の税額は次のようになっています。
| 運送業の種別 | 登録免許税 | |
| 一般乗合旅客自動車運送事業 | 9万円 | |
| 一般貸切旅客自動車運送事業 | 9万円 | |
| 一般乗用旅客自動車運送事業 | 法人タクシー | 3万円 |
| 介護タクシー | 3万円 | |
| 個人タクシー | 1万5千円 | |
| 特定旅客自動車運送事業 | 3万円 | |
| 一般貨物自動車運送事業 | 12万円 | |
| 特定貨物自動車運送事業 | 6万円 | |
| 貨物軽自動車運送事業 | なし | |
| 第一種貨物利用運送事業 | 9万円 | |
| 第二種貨物利用運送事業 | 12万円 | |
登録免許税は、税務署か日本銀行の歳入代理店（銀行・郵便局等）で支払い、その領収書を届出書に貼りつけて、許可・登録を受けた運輸支局に提出します。